Die Abteilung Gesundheitsversorgung übt zusammen mit dem Kantonsarzt, der Kantonsapothekerin und dem Kantonszahnarzt Aufgaben der Aufsicht über das Gesundheitswesen aus. Sie koordiniert die Massnahmen der Gesundheitsförderung und Prävention und organisiert die Spezialdienste der ambulanten medizinischen Versorgung, soweit der Kanton dafür zuständig ist.

Weiter plant und koordiniert sie die inner- und ausserkantonale stationäre medizinische Versorgung. Sie hält die Spitalliste aktuell und erarbeitet die Leistungsaufträge an die Spitäler. In regelmässigen Abständen überprüft sie die Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit der erbrachten Spitalleistungen. Die Abteilung ist im Rahmen des KVG zuständig für Tarifgenehmigungen, Tariffestsetzungen sowie Tarifstreitigkeiten, und sie erarbeitet übergreifende Projekte im kantonalen Gesundheitswesen. Sie verfolgt ausserdem die Entwicklung der Kosten der Krankenkassenprämien.